प्रोपिओनिक एसिड (PPA), एगो एंटीफंगल एजेंट आ आम आहार एडिटिव, चूहा सभ में असामान्य न्यूरोडेवलपमेंट पैदा करे के बात बतावल गइल बा आ एकरे साथ गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल डिसफंक्शन भी हो सके ला, ई आंत के डिसबायोसिस के कारण हो सके ला। आहार में पीपीए के संपर्क में आवे आ आंत के माइक्रोबायोटा डिस्बायोसिस के बीच संबंध के सुझाव दिहल गइल बा, बाकी एकर सीधे जांच नइखे भइल। इहाँ, हमनी के आंत के माइक्रोबायोटा संरचना में पीपीए से जुड़ल बदलाव के जांच कईनी, जवना से डिस्बायोसिस हो सकता। बिना उपचारित आहार (n = 9) आ पीपीए-समृद्ध आहार (n = 13) खियावल चूहा सभ के आंत के माइक्रोबायोम सभ के अनुक्रमण लंबा दूरी के मेटाजीनोमिक अनुक्रमण के इस्तेमाल से कइल गइल ताकि माइक्रोबियल संरचना आ बैक्टीरिया के चयापचय मार्ग में अंतर के आकलन कइल जा सके। आहार पीपीए के संबंध महत्वपूर्ण टैक्सा सभ के बहुतायत में बढ़ती से रहल जेह में कई गो बैक्टीरोइड्स, प्रीवोटेला आ रुमिनोकोकस प्रजाति सभ सामिल बाड़ी, जिनहन के सदस्य सभ के पहिले पीपीए उत्पादन में सामिल कइल गइल बा। पीपीए के संपर्क में आवे वाला चूहा सभ के माइक्रोबायोम में भी लिपिड मेटाबोलिज्म आ स्टेरॉयड हार्मोन बायोसिंथेसिस से संबंधित ढेर रास्ता रहे। हमनी के नतीजा बतावता कि पीपीए आंत के माइक्रोबायोटा अवुरी ओकरा से जुड़ल मेटाबोलिक रास्ता में बदलाव क सकता। ई देखल गइल बदलाव ई बतावे लें कि खपत खातिर सुरक्षित के रूप में वर्गीकृत संरक्षक पदार्थ आंत के माइक्रोबायोटा के संरचना आ बदले में मानव स्वास्थ्य के प्रभावित क सके लें।
मानव माइक्रोबायोम के अक्सर "शरीर के अंतिम अंग" कहल जाला आ ई मनुष्य के स्वास्थ्य में बहुत महत्व के भूमिका निभावे ला (Baquero and Nombela, 2012)। खासतौर पर, आंत के माइक्रोबायोम के सिस्टम-व्यापी परभाव आ कई ठे जरूरी कामकाज सभ में भूमिका खातिर पहिचानल जाला। आंत में कॉमेन्सल बैक्टीरिया बहुतायत से पावल जालें, कई गो पारिस्थितिकी आला सभ पर कब्जा करे लें, पोषक तत्व सभ के इस्तेमाल करे लें आ संभावित रोगजनक सभ के साथ प्रतिस्पर्धा करे लें (Jandhyala et al., 2015)। आंत के माइक्रोबायोटा के बिबिध बैक्टीरियल घटक सभ विटामिन नियर जरूरी पोषक तत्व सभ के उत्पादन आ पाचन के बढ़ावा देवे में सक्षम होलें (Rowland et al., 2018)। बैक्टीरिया के मेटाबोलाइट्स ऊतक के बिकास के प्रभावित करे आ मेटाबोलिक आ प्रतिरक्षा के रास्ता के बढ़ावे के भी बतावल गइल बा (Heijtz et al., 2011; Yu et al., 2022)। मानव आंत के माइक्रोबायोम के रचना बेहद बिबिधता वाला होले आ आनुवांशिक आ पर्यावरणीय कारक सभ जइसे कि आहार, लिंग, दवाई, आ स्वास्थ्य के स्थिति पर निर्भर करे ले (कुंभरे इत्यादि, 2019)।
मातृ आहार भ्रूण आ नवजात शिशु के बिकास के एगो महत्वपूर्ण घटक हवे आ यौगिक सभ के कथित स्रोत हवे जे बिकास के प्रभावित क सकत बाड़ें (Bazer et al., 2004; Innis, 2014)। अइसने एगो रुचि के यौगिक प्रोपिओनिक एसिड (PPA) हवे जे बैक्टीरिया के किण्वन से मिलल छोट श्रृंखला वाला फैटी एसिड उप-उत्पाद आ खाद्य एडिटिव हवे (den Besten et al., 2013)। पीपीए में जीवाणुरोधी आ फंगल रोधी गुण होला आ एह कारण एकर इस्तेमाल खाद्य संरक्षक के रूप में आ औद्योगिक अनुप्रयोग सभ में फफूंदी आ बैक्टीरिया के बढ़ती के रोके खातिर होला (Wemmenhove et al., 2016)। पीपीए के अलग-अलग ऊतक में अलग-अलग असर होखेला। लिवर में, पीपीए के मैक्रोफेज सभ में साइटोकिन एक्सप्रेशन के प्रभावित क के एंटी-इंफ्लेमेटरी परभाव होला ( Kawasoe et al., 2022 )। ई रेगुलेटरी इफेक्ट अन्य प्रतिरक्षा कोशिका सभ में भी देखल गइल बा, जेकरा चलते सूजन के डाउनरेगुलेशन हो जाला (Haase et al., 2021)। हालांकि दिमाग में एकर उल्टा असर देखल गईल बा। पहिले के अध्ययन सभ से पता चलल बा कि पीपीए के संपर्क में आवे से चूहा सभ में ऑटिज्म नियर बेहवार पैदा होला (एल-अंसारी इत्यादि, 2012)। अन्य अध्ययन सभ से पता चलल बा कि पीपीए ग्लियोसिस के पैदा क सके ला आ दिमाग में प्रो-इंफ्लेमेटरी रास्ता सभ के सक्रिय क सके ला (Abdelli et al., 2019)। चूँकि पीपीए एगो कमजोर एसिड हवे, ई आंत के उपकला के माध्यम से खून में फइल सके ला आ एह तरीका से खून-मस्तिष्क के बाधा के साथे-साथ नाल भी सहित प्रतिबंधात्मक बाधा सभ के पार क सके ला (Stinson et al., 2019), बैक्टीरिया द्वारा पैदा होखे वाला रेगुलेटरी मेटाबोलाइट के रूप में पीपीए के महत्व के रेखांकित करे ला। हालाँकि, ऑटिज्म खातिर जोखिम कारक के रूप में पीपीए के संभावित भूमिका के बारे में फिलहाल जांच चल रहल बा, ऑटिज्म के रोगी ब्यक्ति सभ पर एकर परभाव न्यूरल डिफरेंसेशन के पैदा करे से परे हो सके ला।
न्यूरोडेवलपमेंटल डिसऑर्डर के मरीजन में दस्त आ कब्ज नियर जठरांत्र संबंधी लच्छन आम बाड़ें (Cao et al., 2021)। पहिले के अध्ययन सभ से पता चलल बा कि ऑटिज्म स्पेक्ट्रम डिसऑर्डर (ASD) के मरीजन के माइक्रोबायोम स्वस्थ ब्यक्ति सभ से अलग होला, ई बतावे ला कि आंत के माइक्रोबायोटा डिस्बायोसिस के मौजूदगी (Finegold et al., 2010)। एही तरे भड़काऊ आंत के बेमारी, मोटापा, अल्जाइमर के बेमारी इत्यादि के मरीजन के माइक्रोबायोम के बिसेसता भी स्वस्थ ब्यक्ति सभ से अलग होला (Turnbaugh et al., 2009; Vogt et al., 2017; Henke et al., 2019)। हालाँकि, आजतक ले आंत के माइक्रोबायोम आ न्यूरोलॉजिकल बेमारी भा लच्छन सभ के बीच कौनों कारण संबंध स्थापित नइखे भइल ( Yap et al., 2021 ), हालाँकि, कई गो बैक्टीरिया प्रजाति सभ के एह बेमारी के कुछ अवस्था सभ में भूमिका निभावे के बिचार कइल जाला। उदाहरण खातिर, ऑटिज्म के मरीजन के माइक्रोबायोटा में एकरमैनसिया, बैक्टीरोइड्स, क्लोस्ट्रिडियम, लैक्टोबैसिलस, डेसल्फोविब्रिओ आ अउरी जेनरा सभ के मात्रा ढेर पावल जाला (Tomova et al., 2015; Golubeva et al., 2017; Cristiano et al., 2018; Zurita et al., 2020)। उल्लेखनीय बा कि एह में से कुछ जेनरा सभ के सदस्य प्रजाति सभ में पीपीए उत्पादन से जुड़ल जीन होखे के जानकारी बा (Reichardt et al., 2014; Yun and Lee, 2016; Zhang et al., 2019; Baur and Dürre, 2023)। पीपीए के रोगाणुरोधी गुण सभ के देखत, एकर बहुतायत बढ़ावल पीपीए पैदा करे वाला बैक्टीरिया सभ के बढ़ती खातिर फायदेमंद हो सके ला (Jacobson et al., 2018)। एह तरीका से, पीएफए ​​से भरपूर वातावरण के कारण आंत के माइक्रोबायोटा में बदलाव हो सके ला, जवना में जठरांत्र संबंधी रोगजनक सभ भी सामिल बाड़ें, जे जठरांत्र संबंधी लच्छन सभ के ओर ले जाए वाला संभावित कारक हो सके लें।
माइक्रोबायोम रिसर्च में एगो केंद्रीय सवाल ई बा कि माइक्रोबियल संरचना में अंतर अंतर्निहित बेमारी सभ के कारण भा लच्छन हवे कि ना। आहार, आंत के माइक्रोबायोम आ न्यूरोलॉजिकल बेमारी सभ के बीच के जटिल संबंध के स्पष्ट करे के पहिला कदम माइक्रोबियल संरचना पर आहार के परभाव के आकलन कइल बा। एकरा खातिर हमनी के पीपीए से भरपूर भा पीपीए से कम आहार खियावल चूहा के संतान के आंत के माइक्रोबायोम के तुलना करे खातिर लंबा समय से पढ़ल मेटाजीनोमिक अनुक्रमण के इस्तेमाल कईनी। संतान के उहे आहार दिहल जात रहे जवन ओह लोग के महतारी के खियावल जात रहे। हमनी के परिकल्पना कइनी जा कि पीपीए से भरपूर आहार के परिणामस्वरूप आंत के माइक्रोबियल संरचना आ माइक्रोबियल कार्यात्मक रास्ता में बदलाव होखी, खासतौर पर पीपीए चयापचय आ/या पीपीए उत्पादन से संबंधित मार्ग।
एह अध्ययन में FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J ट्रांसजेनिक चूहा (जैक्सन लैबोरेटरीज) के इस्तेमाल कइल गइल जे यूनिवर्सिटी ऑफ सेंट्रल फ्लोरिडा इंस्टीट्यूशनल एनिमल केयर एंड यूज कमेटी (UCF-IACUC) (एनिमल यूज परमिट नंबर: PROTO202000002) के गाइडलाइन के पालन करत ग्लिया-स्पेसिफिक GFAP प्रोमोटर के नियंत्रण में ग्रीन फ्लोरोसेंट प्रोटीन (GFP) के ओवरएक्सप्रेस करे लें। दुध छुड़ावे के बाद, चूहा सभ के अलग-अलग पिंजरा में रखल गइल जेह में हर लिंग के 1-5 चूहा प्रति पिंजरा में रहलें। चूहा सभ के एड लिबिटम में या त शुद्ध नियंत्रण आहार (संशोधित ओपन-लेबल मानक आहार, 16 किलोकैलोरी% वसा) या फिर सोडियम प्रोपिओनेट-पूरक आहार (संशोधित ओपन-लेबल मानक आहार, 16 किलोकैलोरी% वसा, जेह में 5,000 पीपीएम सोडियम प्रोपिओनेट होखे) दिहल गइल। सोडियम प्रोपिओनेट के इस्तेमाल के मात्रा 5,000 मिलीग्राम पीएफए/किलोग्राम कुल खाद्य वजन के बराबर रहे। ई खाद्य संरक्षक के रूप में इस्तेमाल खातिर मंजूर पीपीए के सभसे ढेर एकाग्रता हवे। एह अध्ययन के तइयारी खातिर माता-पिता के चूहा सभ के संभोग से पहिले 4 हप्ता ले दुनों आहार दिहल गइल आ ई पूरा बांध के गर्भावस्था में जारी रहल। संतान के चूहा [22 चूहा, 9 नियंत्रण (6 नर, 3 मादा) आ 13 पीपीए (4 नर, 9 मादा)] के दुध छुड़ावल गइल आ फिर 5 महीना ले बांध सभ के समान आहार पर जारी रखल गइल। संतान के चूहा सभ के 5 महीना के उमिर में बलि दिहल गइल आ इनहन के आंत के मल के सामग्री के एकट्ठा कइल गइल आ सुरुआत में 1.5 मिलीलीटर माइक्रोसेंट्रीफ्यूज ट्यूब में -20°C पर संग्रहीत कइल गइल आ फिर -80°C फ्रीजर में तब ले स्थानांतरित कइल गइल जबले कि मेजबान के डीएनए खतम ना हो गइल आ माइक्रोबियल न्यूक्लिक एसिड ना निकालल गइल।
मेजबान के डीएनए के एगो संशोधित प्रोटोकॉल के अनुसार हटा दिहल गइल (Charalampous et al., 2019)। संक्षेप में, मल सामग्री के 500 μl InhibitEX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) में स्थानांतरित कइल गइल आ जमल संग्रहीत कइल गइल। प्रति निष्कर्षण अधिकतम 1-2 मल गोली के प्रक्रिया करीं। एकरे बाद मल के सामग्री के ट्यूब के अंदर प्लास्टिक के मूसल के इस्तेमाल से मशीनी तरीका से एकरूप बनावल गइल आ स्लरी बनावल गइल। नमूना सभ के 10,000 RCF पर 5 मिनट ले या जबले नमूना गोली ना हो जाव तबले सेंट्रीफ्यूज करीं, फिर सुपरनेटेंट के एस्पिरेट करीं आ गोली के 250 μl 1× PBS में फिर से लटका दीं। यूकेरियोटिक कोशिका झिल्ली के ढीला करे खातिर डिटर्जेंट के रूप में नमूना में 250 μl 4.4% सैपोनिन घोल (TCI, उत्पाद संख्या S0019) डालल जाला। नमूना के चिकना होखे तक धीरे से मिला के कमरा के तापमान पर 10 मिनट तक इन्क्यूबेट कइल गइल। एकरे बाद यूकेरियोटिक कोशिका सभ के बिघटन करे खातिर नमूना में 350 μl न्यूक्लियस मुक्त पानी मिलावल गइल, 30 s ले इन्क्यूबेट कइल गइल आ फिर 12 μl 5 M NaCl मिलावल गइल। एकरा बाद नमूना के 6000 आरसीएफ पर 5 मिनट तक सेंट्रीफ्यूज कइल गइल। सुपरनेटेंट के एस्पिरेट करीं आ गोली के 100 μl 1X पीबीएस में फिर से लटका दीं। मेजबान डीएनए के हटावे खातिर 100 μl HL-SAN बफर (12.8568 g NaCl, 4 ml 1M MgCl2, 36 ml न्यूक्लियस मुक्त पानी) आ 10 μl HL-SAN एंजाइम (ArticZymes P/N 70910-202) डालल जाला। नमूना सभ के पिपेटिंग से पूरा तरीका से मिलावल गइल आ 37 °C पर 30 मिनट ले 800 आरपीएम पर EppendorfTM ThermoMixer C पर इन्क्यूबेट कइल गइल, इनक्यूबेशन के बाद, 6000 RCF पर 3 मिनट ले सेंट्रीफ्यूज कइल गइल आ 800 μl आ 1000 μl 1X PBS से दू बेर धोवल गइल। अंत में, गोली के 100 μl 1X पीबीएस में फिर से लटका दीं।
न्यू इंग्लैंड बायोलैब्स मोनार्क जीनोमिक डीएनए प्यूरिफिकेशन किट (न्यू इंग्लैंड बायोलैब्स, इप्सविच, एमए, कैट # T3010L) के उपयोग से कुल बैक्टीरिया के डीएनए के अलग कइल गइल। किट के संगे दिहल गईल मानक संचालन प्रक्रिया में तनिका संशोधन कईल गईल बा। अंतिम इल्यूशन खातिर ऑपरेशन से पहिले न्यूक्लियस मुक्त पानी के 60°C पर इनक्यूबेट करीं आ बना के रखीं। हर नमूना में 10 μl प्रोटीनेज के आ 3 μl आरएनएज ए डालल जाला। एकरा बाद 100 μl सेल लाइसिस बफर डाल के धीरे से मिला लीं। एकरे बाद नमूना सभ के एपेनडॉर्फ TM थर्मोमिक्सर सी में 56°C आ 1400 आरपीएम पर कम से कम 1 घंटा आ 3 घंटा तक ले इन्क्यूबेट कइल गइल। इनक्यूबेट नमूना सभ के 12,000 RCF पर 3 मिनट ले सेंट्रीफ्यूज कइल गइल आ हर नमूना से सुपरनेटेंट के अलग से 1.5 mL माइक्रोसेंट्रीफ्यूज ट्यूब में स्थानांतरित कइल गइल जेह में 400 μL बाइंडिंग घोल होखे। एकरे बाद ट्यूब सभ के 1 सेकंड के अंतराल पर 5-10 सेकंड ले पल्स भंवर कइल गइल। हर नमूना के पूरा तरल सामग्री (लगभग 600–700 μL) के फ्लो-थ्रू कलेक्शन ट्यूब में रखल फिल्टर कारतूस में स्थानांतरित करीं। ट्यूब सभ के 1,000 RCF पर 3 मिनट ले सेंट्रीफ्यूज कइल गइल ताकि सुरुआती डीएनए बाइंडिंग हो सके आ फिर 12,000 RCF पर 1 मिनट ले सेंट्रीफ्यूज कइल गइल ताकि अवशिष्ट तरल पदार्थ के हटावल जा सके। नमूना कॉलम के नया संग्रह ट्यूब में स्थानांतरित कइल गइल आ ओकरा बाद दू बेर धोवल गइल। पहिला धोवे खातिर हर ट्यूब में 500 μL धोवे के बफर डालल जाला। ट्यूब के 3-5 बेर उल्टा करीं आ ओकरा बाद 12,000 आरसीएफ पर 1 मिनट खातिर सेंट्रीफ्यूज करीं। संग्रह ट्यूब से तरल पदार्थ के फेंक दीं आ फिल्टर कारतूस के वापस ओही संग्रह ट्यूब में रख दीं। दूसरा धोवे खातिर बिना उलटले फिल्टर में 500 μL धोवे के बफर डाल दीं। नमूना के 12,000 आरसीएफ पर 1 मिनट तक सेंट्रीफ्यूज कइल गइल। फिल्टर के 1.5 mL LoBind® ट्यूब में स्थानांतरित करीं आ 100 μL पहिले से गरम न्यूक्लियस मुक्त पानी डाल दीं। फिल्टर सभ के कमरा के तापमान पर 1 मिनट ले इन्क्यूबेट कइल गइल आ फिर 12,000 आरसीएफ पर 1 मिनट ले सेंट्रीफ्यूज कइल गइल। इल्यूट भइल डीएनए -80 डिग्री सेल्सियस पर संग्रहीत कइल गइल।
डीएनए एकाग्रता के मात्रा निर्धारित कइल गइल QubitTM 4.0 फ्लोरोमीटर के उपयोग से। निर्माता के निर्देश के अनुसार QubitTM 1X dsDNA High Sensitivity Kit (Cat. No. Q33231) के इस्तेमाल से डीएनए तैयार कइल गइल। डीएनए टुकड़ा के लंबाई के बितरण के माप एग्लिएंट TM 4150 या 4200 टेपस्टेशन के इस्तेमाल से कइल गइल। एजिलेंट TM जीनोमिक डीएनए रिएजेंट (कैट. नंबर 5067-5366) आ जीनोमिक डीएनए स्क्रीनटेप (कैट. नंबर 5067-5365) के इस्तेमाल से डीएनए तइयार कइल गइल। लाइब्रेरी के तइयारी निर्माता के निर्देश के अनुसार ऑक्सफोर्ड नैनोपोर टेक्नोलॉजीज TM (ONT) रैपिड पीसीआर बारकोडिंग किट (SQK-RPB004) के इस्तेमाल से कइल गइल। डीएनए के अनुक्रमण Min106D फ्लो सेल (R 9.4.1) के साथ ONT GridIONTM Mk1 सीक्वेंसर के उपयोग से कइल गइल। अनुक्रमण सेटिंग रहे: उच्च सटीकता वाला बेस कॉलिंग, 9 के न्यूनतम q मान, बारकोड सेटअप, आ बारकोड ट्रिम। नमूना के 72 घंटा तक अनुक्रमण कईल गईल, जवना के बाद बेस कॉल डेटा के आगे के प्रोसेसिंग अवुरी एनालिसिस खाती जमा कईल गईल।
बायोइन्फोर्मैटिक्स प्रोसेसिंग पहिले बतावल तरीका सभ के इस्तेमाल से कइल गइल ( ग्रीनमैन एट अल., 2024 )। अनुक्रमण से मिलल FASTQ फाइल सभ के हर नमूना खातिर डाइरेक्टरी में बाँटल गइल। बायोइन्फोर्मैटिक्स बिस्लेषण से पहिले, डेटा के प्रोसेसिंग निम्नलिखित पाइपलाइन के इस्तेमाल से कइल गइल: पहिले, नमूना सभ के FASTQ फाइल सभ के एकही FASTQ फाइल में मर्ज कइल गइल। एकरे बाद, 1000 बीपी से छोट रीड सभ के फिल्टरलॉन्ग v. 0.2.1 के इस्तेमाल से फिल्टर कइल गइल, एकलौता पैरामीटर बदलल गइल –min_length 1000 (Wick, 2024)। आगे के फिल्टरिंग से पहिले, रीड क्वालिटी के नियंत्रण नैनोप्लॉट v. 1.41.3 के इस्तेमाल से निम्नलिखित पैरामीटर के साथ कइल गइल: –fastq –plots dot –N50 -o(डी कोस्टर आ रेडमेकर्स, 2023) के लिखल बा। रीड सभ के माउस संदर्भ जीनोम GRCm39 (GCF_000001635.27) के साथ संरेखित कइल गइल जेह में minimap2 v. 2.24-r1122 के इस्तेमाल से होस्ट-दूषित रीड सभ के निम्नलिखित पैरामीटर सभ के साथ हटावल गइल: -L -ax map-ont(ली, 2018) के बा। जनरेट कइल गइल संरेखण फाइल सभ के samtools v. 1.16.1 में samtools view -b (Danecek et al., 2021) के इस्तेमाल से BAM फॉर्मेट में बदल दिहल गइल। एकरे बाद samtools view -b -f 4 के इस्तेमाल से अनलाइन रीड सभ के पहिचान कइल गइल, ई बतावे ला कि ई रीड मेजबान जीनोम से संबंधित ना रहलें। अनलाइन रीड के डिफ़ॉल्ट पैरामीटर के साथ samtools bam2fq के इस्तेमाल से वापस FASTQ फॉर्मेट में बदल दिहल गइल। नैनोप्लॉट के आगे बतावल गइल सेटिंग सभ के इस्तेमाल से आगे के फिल्टर कइल रीड सभ पर फिर से चलावल गइल। फिल्टरिंग के बाद, मेटाफ्लाई बनाम 2.8.2-b1689 के इस्तेमाल से मेटाजीनोमिक डेटा के निम्नलिखित पैरामीटर के साथ इकट्ठा कइल गइल: –नैनो-कच्चा–मेटा (कोल्मोगोरोव एट अल., 2020) के बा। बाकी पैरामीटर सभ के अपना डिफ़ॉल्ट मान पर छोड़ दीं। असेंबली के बाद, फिल्टर कइल रीड सभ के minimap2 के इस्तेमाल से असेंबली में मैप कइल गइल आ -ax map-ont पैरामीटर के इस्तेमाल SAM फॉर्मेट में संरेखण फाइल पैदा करे खातिर कइल गइल। असेंबली के पहिले रेकन v. 1.4.20 के इस्तेमाल से परिष्कृत कइल गइल जेह में निम्नलिखित पैरामीटर सभ के साथ: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u ( Vaser et al., 2017 )। रेकन पूरा भइला के बाद, एकरा के medaka v. 1.7.2 के साथ अउरी परिष्कृत कइल गइल, medaka_consesus के इस्तेमाल से, -m पैरामीटर के छोड़ के सगरी पैरामीटर सभ के डिफ़ॉल्ट मान पर छोड़ दिहल गइल। -m पैरामीटर के r941_min_hac_g507 पर सेट कइल गइल बा जेह से कि हमनी के डेटा खातिर इस्तेमाल होखे वाला फ्लो सेल केमिस्ट्री आ हाई-सटीकता बेस कॉलिंग के निर्दिष्ट कइल जा सके (nanoporetech/medaka, 2024)। फिल्टर कइल डेटा (अब माइक्रोबियल डेटा कहल जाला) आ अंतिम साफ कइल असेंबली के बाद के बिस्लेषण खातिर इस्तेमाल कइल गइल।
टैक्सोनोमिक वर्गीकरण खातिर, रीड आ इकट्ठा कइल कॉन्टिग सभ के वर्गीकरण Kraken2 v. 2.1.2 ( Wood et al., 2019 ) के इस्तेमाल से कइल गइल। क्रम से रीड आ असेंबली खातिर रिपोर्ट आ आउटपुट फाइल जनरेट करीं। रीड आ असेंबली के विश्लेषण करे खातिर –use-names विकल्प के इस्तेमाल करीं। –gzip-compressed आ –paired विकल्प रीड सेगमेंट खातिर निर्दिष्ट कइल गइल बा। मेटाजीनोम में टैक्सा सभ के सापेक्षिक बहुतायत के अनुमान ब्रैकन बनाम 2.8 ( Lu et al., 2017 ) के इस्तेमाल से लगावल गइल। हमनी के सबसे पहिले एगो kmer डेटाबेस बनवनी जा जवना में bracken-build के इस्तेमाल से 1000 बेस रहे जवना में निम्नलिखित पैरामीटर रहे: -d-k 35 -l 1000 एक बेर बन गइला के बाद, ब्रैकन kraken2 द्वारा जनरेट कइल गइल रिपोर्ट के आधार पर चले ला आ निम्नलिखित विकल्प सभ के इस्तेमाल से डेटा के फिल्टर करे ला: -d -I -O-पृष्ठ 1000 -एल के बा

इनहन में से पी, जी भा एस के चयन विश्लेषण कइल जा रहल वर्गीकरण स्तर के आधार पर कइल जाला। झूठा सकारात्मक वर्गीकरण के परभाव के कम से कम करे खातिर, 1e-4 (1/10,000 रीड्स) के न्यूनतम सापेक्षिक बहुतायत के सीमा अपनावल गइल। सांख्यिकीय बिस्लेषण से पहिले, ब्रैकन (fraction_total_reads) द्वारा रिपोर्ट कइल गइल सापेक्षिक बहुतायत सभ के केंद्रित लॉग-अनुपात (CLR) रूपांतरण (Aitchison, 1982) के इस्तेमाल से रूपांतरित कइल गइल। सीएलआर तरीका के डेटा रूपांतरण खातिर चुनल गइल काहें से कि ई पैमाना-अविकारी होला आ गैर-विरल डाटासेट सभ खातिर पर्याप्त होला (Gloor et al., 2017)। सीएलआर रूपांतरण में प्राकृतिक लघुगणक के इस्तेमाल होला। ब्रैकन द्वारा रिपोर्ट कइल गइल गिनती डेटा के रिलेटिव लॉग एक्सप्रेशन (RLE) के इस्तेमाल से सामान्य कइल गइल (Anders and Huber, 2010)। आँकड़ा सभ के निर्माण matplotlib v. 3.7.1, seaborn v. 3.7.2 आ क्रमिक लघुगणक सभ के संयोजन के इस्तेमाल से कइल गइल (Gloor et al., 2017)। 0.12.2 आ स्टेंटनोटेशन बनाम 0.5.0 (हंटर, 2007; वास्कोम, 2021; चार्लर एट अल., 2022)। हर नमूना खातिर बेसिलस/बैक्टीरोइडेट्स अनुपात के गणना सामान्य बैक्टीरिया गिनती के इस्तेमाल से कइल गइल। तालिका सभ में रिपोर्ट कइल गइल मान सभ के 4 दशमलव जगह पर गोल कइल जाला। सिम्पसन डाइवर्सिटी इंडेक्स के गणना क्राकेनटूल्स बनाम 1.2 पैकेज में दिहल गइल alpha_diversity.py स्क्रिप्ट के इस्तेमाल से कइल गइल (लू एट अल., 2022)। स्क्रिप्ट में ब्रैकन रिपोर्ट दिहल गइल बा आ -an पैरामीटर खातिर सिम्पसन इंडेक्स “Si” दिहल गइल बा. प्रचुरता में महत्वपूर्ण अंतर के औसत सीएलआर अंतर ≥ 1 या ≤ -1 के रूप में परिभाषित कइल गइल। ±1 के औसत सीएलआर अंतर नमूना प्रकार के बहुतायत में 2.7 गुना बढ़ती के संकेत देला। चिन्ह (+/-) बतावे ला कि ई टैक्सन क्रम से पीपीए नमूना आ नियंत्रण नमूना में ढेर बा कि ना। महत्व के निर्धारण मान-व्हिटनी यू परीक्षण (Virtanen et al., 2020) के इस्तेमाल से कइल गइल। Statsmodels v. 0.14 (Benjamini and Hochberg, 1995; Seabold and Perktold, 2010) के इस्तेमाल कइल गइल, आ कई गो परीक्षण खातिर सही करे खातिर बेंजामिन-होचबर्ग प्रक्रिया के लागू कइल गइल। सांख्यिकीय महत्व के निर्धारण खातिर थ्रेसहोल्ड के रूप में समायोजित पी-वैल्यू ≤ 0.05 के इस्तेमाल कइल गइल।
जीन एनोटेशन आ सापेक्षिक बहुतायत के अनुमान मरंगा एट अल द्वारा वर्णित प्रोटोकॉल के संशोधित संस्करण के इस्तेमाल से कइल गइल। (मरंगा एट अल., 2023) के बा। सबसे पहिले, SeqKit v. 2.5.1 (Shen et al., 2016) के इस्तेमाल से सभ असेंबली सभ से 500 bp से छोट कॉन्टिग सभ के हटा दिहल गइल। एकरे बाद चुनल गइल असेंबली सभ के मिला के पैन-मेटाजीनोम बनावल गइल। ओपन रीडिंग फ्रेम (ORF) के पहचान प्रोडिगल बनाम 1.0.1 (प्रोडिगल बनाम 2.6.3 के समानांतर संस्करण) के उपयोग से कइल गइल जवना में निम्नलिखित पैरामीटर रहे: -d-च जीएफएफ-आई के बा -O-टी 24 -पी मेटा -सी 10000 (हिएट एट अल., 2012; जेनिके, 2024) के बा। एकरे बाद मिलल न्यूक्लियोटाइड फाइल सभ के पायथन के इस्तेमाल से छानल गइल आ सभ अधूरा जीन सभ के हटा दिहल गइल। एकरे बाद सीडी-एचआईटी v. 4.8.1 के इस्तेमाल निम्नलिखित पैरामीटर सभ के साथ जीन सभ के क्लस्टर करे खातिर कइल गइल: cd-hit-est -i -O-c 0.95 -s 0.85 -aS 0.9 -n 10 -d 256 -M 350000 -T 24 -l 100 -g 1 (फू एट अल., 2012)। जनरेट कइल गैर-रिडंडेंट जीन कैटलॉग के इस्तेमाल जीन के बहुतायत आ एनोटेशन के अनुमान लगावे खातिर कइल गइल। सापेक्षिक जीन के बहुतायत के अनुमान केएमए बनाम 1.4.9 (Clausen et al., 2018) के इस्तेमाल से लगावल गइल। सबसे पहिले, KMA इंडेक्स के उपयोग करके एगो इंडेक्स फाइल बनाईं जवना में निम्नलिखित पैरामीटर होखे: -i -Oफिर, हर नमूना खातिर माइक्रोबियल रीड के साथ उत्पन्न सूचकांक के उपयोग करके जइसन कि बायोइन्फोर्मैटिक्स पाइपलाइन खंड में वर्णित बा, केएमए के निम्नलिखित पैरामीटर के साथ चलावल गइल: -i -O-टी_डीबी के बा-bcNano -bc 0.7 -ef -t 24. फिर, जीन गिनती के सीएलआर के इस्तेमाल से सामान्य कइल गइल, आ साइ-किट सीख के प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस (पीसीए) क्लास के इस्तेमाल कइल गइल (Pedregosa et al., 2011)। अनुमानित जीन एनोटेशन के गैर-रिडंडेंट जीन कैटलॉग पर eggNOG v. 2.1.12 के emapper.py स्क्रिप्ट आ eggNOG डेटाबेस संस्करण 5.0.2 के इस्तेमाल से निम्नलिखित पैरामीटर सभ के साथ कइल गइल: –type CDS –cpu 24 -i– डाटा कैटलॉग के बारे में बतावल गइल बा–go_evidence गैर-इलेक्ट्रॉनिक – आउटपुट के बा– आउटपुट डाइरेक्टरी के बा–target_orthologs all –seed_ortholog_value 0.001 –seed_ortholog_score 60 –क्वेरी_कवर 20 –विषय_कवर 0 –अनुवाद –ओवरराइड –temp_dir(कैंटलापिएड्रा एट अल., 2021) के लिखल बा। केएमए रिजल्ट के स्क्रीनिंग पर्याप्त टेम्पलेट कवरेज आ टेम्पलेट पहिचान (≥ 90%) आ बहुतायत (गहराई ≥ 3) वाला जीन सभ के चयन करे खातिर कइल गइल। केएमए गहराई के परिणाम के सीएलआर के उपयोग से रूपांतरित कइल गइल जइसन कि ऊपर बतावल गइल बा। एकरे बाद केएमए के रिजल्ट के तुलना हर जीन खातिर कॉन्टिग स्रोत के इस्तेमाल से फंक्शनल एनोटेशन आ क्लासिफिकेशन रिजल्ट से कॉन्टिग आईडी सभ से कइल गइल। जइसे कि टैक्सा के साथ, जीन के बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर के औसत सीएलआर अंतर ≥ 1 या ≤ -1 वाला जीन के रूप में परिभाषित कइल गइल, एक ठो संकेत (+/-) के साथ ई बतावे ला कि जीन क्रम से पीपीए भा नियंत्रण नमूना सभ में ढेर भरपूर मात्रा में रहल।
जीन सभ के पहिले क्योटो एनसाइक्लोपीडिया ऑफ जीन एंड जीनोम (KEGG) ऑर्थोलॉग (KO) आइडेंटिफायर सभ के अनुसार समूहबद्ध कइल गइल जे जीन पथ के बहुतायत के तुलना करे खातिर eggNOG द्वारा सौंपल गइल रहलें। बिना नॉकआउट वाला जीन भा कई गो नॉकआउट वाला जीन के विश्लेषण से पहिले हटा दिहल गइल. एकरे बाद प्रति नमूना हर केओ के औसत प्रचुरता के गणना कइल गइल आ सांख्यिकीय बिस्लेषण कइल गइल। पीपीए मेटाबोलिज्म जीन सभ के परिभाषित कइल गइल कि ई कौनों भी जीन जेकरा के KEGG_Pathway कॉलम में पंक्ति ko00640 दिहल गइल होखे, ई केजीजी के अनुसार प्रोपिओनेट मेटाबोलिज्म में भूमिका के संकेत देला। पीपीए उत्पादन से जुड़ल जीन सभ के पहिचान पूरक तालिका 1 में दिहल गइल बा (Reichardt et al., 2014; Yang et al., 2017)। पीपीए मेटाबोलिज्म आ प्रोडक्शन जीन सभ के पहिचान करे खातिर क्रमपरिवर्तन परीक्षण कइल गइल जे हर नमूना प्रकार में काफी ढेर भरपूर मात्रा में रहलें। विश्लेषण कइल गइल हर जीन खातिर एक हजार क्रमपरिवर्तन कइल गइल। सांख्यिकीय महत्व के निर्धारण खातिर कटऑफ के रूप में 0.05 के पी-वैल्यू के इस्तेमाल कइल गइल। क्लस्टर के भीतर प्रतिनिधि जीन सभ के एनोटेशन के आधार पर एगो समूह के भीतर अलग-अलग जीन सभ के कामकाजी एनोटेशन दिहल गइल। पीपीए मेटाबोलिज्म आ/या पीपीए उत्पादन से जुड़ल टैक्सा सभ के पहिचान क्राकेन2 आउटपुट फाइल सभ में कॉन्टिग आईडी सभ के मिलान क के कइल जा सके ला जे eggNOG के इस्तेमाल से फंक्शनल एनोटेशन के दौरान रखल गइल ओही कॉन्टिग आईडी सभ के साथ कइल जा सके ला। महत्व के परीक्षण पहिले बतावल गइल मान-व्हिटनी यू परीक्षण के इस्तेमाल से कइल गइल। कई गो परीक्षण खातिर सुधार बेंजामिन-होचबर्ग प्रक्रिया के इस्तेमाल से कइल गइल। सांख्यिकीय महत्व के निर्धारण खातिर कटऑफ के रूप में ≤ 0.05 के पी-वैल्यू के इस्तेमाल कइल गइल।
चूहा सभ के आंत के माइक्रोबायोम के बिबिधता के आकलन सिम्पसन डाइवर्सिटी इंडेक्स के इस्तेमाल से कइल गइल। जीनस आ प्रजाति बिबिधता के मामिला में नियंत्रण आ पीपीए नमूना सभ के बीच कौनों खास अंतर ना देखल गइल (जीनस खातिर पी-वैल्यू: 0.18, प्रजाति सभ खातिर पी-वैल्यू: 0.16) (चित्र 1)। एकरे बाद प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस (पीसीए) के इस्तेमाल से माइक्रोबियल संरचना के तुलना कइल गइल। चित्र 2 में नमूना सभ के इनहन के फाइला के हिसाब से समूहीकरण देखावल गइल बा, ई बतावे ला कि पीपीए आ नियंत्रण नमूना सभ के बीच माइक्रोबायोम सभ के प्रजाति संरचना में अंतर रहे। ई क्लस्टरिंग जीनस स्तर पर कम देखल गइल, ई बतावे ला कि पीपीए कुछ बैक्टीरिया सभ के प्रभावित करे ला (पूरक चित्र 1)।
चित्र 1. माउस आंत माइक्रोबायोम के जेनरा आ प्रजाति संरचना के अल्फा विविधता। बॉक्स प्लॉट जेह में पीपीए आ नियंत्रण नमूना सभ में जेनरा (ए) आ प्रजाति (बी) के सिम्पसन बिबिधता सूचकांक देखावल गइल बा। महत्व के निर्धारण मान-व्हिटनी यू परीक्षण के इस्तेमाल से कइल गइल, आ बेंजामिन-होचबर्ग प्रक्रिया के इस्तेमाल से कई गो सुधार कइल गइल। एनएस, पी-मूल्य महत्वपूर्ण ना रहे (पी> 0.05)।
चित्र 2. प्रजाति स्तर पर माउस आंत माइक्रोबायोम संरचना के प्रमुख घटक विश्लेषण के परिणाम। प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस प्लॉट में नमूना सभ के बितरण के देखावल गइल बा जे उनके पहिला दू गो प्रिंसिपल कंपोनेंट सभ में बा। रंग नमूना के प्रकार के संकेत देला: पीपीए से उजागर चूहा बैंगनी आ नियंत्रण चूहा पीला रंग के होलें। मुख्य घटक 1 आ 2 के क्रम से x-अक्ष आ y-अक्ष पर प्लॉट कइल गइल बा आ इनहन के बतावल गइल विचरण अनुपात के रूप में बतावल गइल बा।
आरएलई रूपांतरित गिनती डेटा के इस्तेमाल से, नियंत्रण आ पीपीए चूहा (नियंत्रण: 9.66, पीपीए: 3.02; पी-वैल्यू = 0.0011) में मीडियन बैक्टीरोइडेट्स/बैसिली अनुपात में काफी कमी देखल गइल। ई अंतर नियंत्रण के तुलना में पीपीए चूहा सभ में बैक्टीरोइडेट्स के ढेर बहुतायत के कारण भइल, हालाँकि, ई अंतर कौनों खास ना रहल (नियंत्रण औसत सीएलआर: 5.51, पीपीए औसत सीएलआर: 6.62; पी-वैल्यू = 0.054), जबकि बैक्टीरोइडेट्स के बहुतायत समान रहल (नियंत्रण औसत सीएलआर: 7.76, पीपीए औसत सीएलआर: 7.60; पी-वैल्यू = 0.18) के बा।
आंत माइक्रोबायोम के टैक्सोनोमिक सदस्य सभ के बहुतायत के बिस्लेषण से पता चलल कि 1 फाइलम आ 77 प्रजाति सभ में पीपीए आ नियंत्रण नमूना सभ के बीच काफी अंतर रहल (पूरक तालिका 2)। पीपीए नमूना में 59 प्रजाति सभ के बहुतायत नियंत्रण नमूना सभ के तुलना में काफी ढेर रहल जबकि नियंत्रण नमूना सभ में खाली 16 प्रजाति सभ के बहुतायत पीपीए नमूना सभ के तुलना में ढेर रहल (चित्र 3)।
चित्र 3. पीपीए आ नियंत्रण चूहा के आंत माइक्रोबायोम में टैक्सा के विभेदक प्रचुरता। ज्वालामुखी प्लॉट सभ में पीपीए आ नियंत्रण नमूना सभ के बीच जेनरा (ए) भा प्रजाति (बी) के बहुतायत में अंतर देखावल जाला। ग्रे बिंदु टैक्सा के बहुतायत में कौनों खास अंतर ना बतावे ला। रंगीन बिंदु बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर (पी-वैल्यू ≤ 0.05) के संकेत देला। नमूना प्रकार सभ के बीच बहुतायत में सभसे ढेर अंतर वाला शीर्ष 20 टैक्सा सभ के क्रम से लाल आ हल्का नीला रंग (नियंत्रण आ पीपीए नमूना) में देखावल गइल बा। नियंत्रण भा पीपीए नमूना में पीला आ बैंगनी रंग के बिंदु नियंत्रण के तुलना में कम से कम 2.7 गुना अधिका रहे। करिया बिंदु सभ काफी अलग प्रचुरता वाला टैक्सा सभ के प्रतिनिधित्व करे लें, औसत सीएलआर अंतर -1 आ 1 के बीच होला।पी मान सभ के गणना मान-व्हिटनी यू परीक्षण के इस्तेमाल से कइल गइल आ बेंजामिन-होचबर्ग प्रक्रिया के इस्तेमाल से कई गो परीक्षण खातिर सही कइल गइल। बोल्ड मीन सीएलआर अंतर बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर के संकेत देला।
आंत के माइक्रोबियल संरचना के विश्लेषण के बाद, हमनी के माइक्रोबायोम के एगो कार्यात्मक एनोटेशन कईनी। कम गुणवत्ता वाला जीन सभ के छानला के बाद सभ नमूना सभ में कुल 378,355 बिसेस जीन सभ के पहिचान कइल गइल। एह जीन सभ के रूपांतरित बहुतायत के इस्तेमाल प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस (PCA) खातिर कइल गइल, आ परिणाम सभ में नमूना प्रकार सभ के इनहन के कामकाजी प्रोफाइल के आधार पर उच्च डिग्री के क्लस्टरिंग देखल गइल (चित्र 4)।
चित्र 4. माउस आंत माइक्रोबायोम के कार्यात्मक प्रोफाइल के उपयोग से पीसीए परिणाम। पीसीए प्लॉट में नमूना सभ के बितरण उनके पहिला दू गो प्रमुख घटक सभ में देखावल गइल बा। रंग नमूना के प्रकार के संकेत देला: पीपीए से उजागर चूहा बैंगनी आ नियंत्रण चूहा पीला रंग के होलें। मुख्य घटक 1 आ 2 के क्रम से x-अक्ष आ y-अक्ष पर प्लॉट कइल गइल बा आ इनहन के बतावल गइल विचरण अनुपात के रूप में बतावल गइल बा।
हमनी के अगिला बेर अलग-अलग नमूना प्रकार में केजीजी नॉकआउट के बहुतायत के जांच कईनी। कुल 3648 गो अनोखा नॉकआउट सभ के पहिचान कइल गइल, जेह में से 196 गो नियंत्रण नमूना सभ में काफी ढेर आ 106 गो पीपीए नमूना सभ में ढेर ढेर पावल गइल (चित्र 5)। नियंत्रण नमूना में कुल 145 जीन आ पीपीए नमूना में 61 जीन के पता चलल, जवना के बहुतायत काफी अलग रहे। लिपिड आ एमिनोशुगर मेटाबोलिज्म से संबंधित रास्ता पीपीए नमूना में काफी अधिक समृद्ध रहे (पूरक तालिका 3)। नाइट्रोजन चयापचय आ सल्फर रिले सिस्टम से संबंधित रास्ता नियंत्रण नमूना में काफी अधिक समृद्ध रहे (पूरक तालिका 3)। पीपीए नमूना में एमिनोशुगर/न्यूक्लिओटाइड चयापचय (ko:K21279) आ इनोसिटोल फॉस्फेट चयापचय (ko:K07291) से संबंधित जीन सभ के बहुतायत काफी ढेर रहे (चित्र 5)। नियंत्रण नमूना सभ में बेंजोएट चयापचय (ko:K22270), नाइट्रोजन चयापचय (ko:K00368), आ ग्लाइकोलाइसिस/ग्लूकोनिओजेनेसिस (ko:K00131) से संबंधित जीन काफी ढेर रहलें (चित्र 5)।
चित्र 5. पीपीए आ नियंत्रण चूहों के आंत माइक्रोबायोम में केओ के विभेदक प्रचुरता। ज्वालामुखी के प्लॉट में कामकाजी समूह (KO) सभ के बहुतायत में अंतर देखावल गइल बा। ग्रे बिंदु अइसन केओ सभ के संकेत देला जिनहन के बहुतायत नमूना प्रकार सभ के बीच कौनों खास अंतर ना रहल (पी-वैल्यू > 0.05)। रंगीन बिंदु बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर (पी-वैल्यू ≤ 0.05) के संकेत देला। नमूना प्रकार सभ के बीच बहुतायत में सभसे ढेर अंतर वाला 20 गो केओ सभ के लाल आ हल्का नीला रंग में देखावल गइल बा, ई क्रम से नियंत्रण आ पीपीए नमूना सभ के अनुरूप बाड़ें। पीला आ बैंगनी रंग के बिंदु अइसन केओ सभ के संकेत देला जे नियंत्रण आ पीपीए नमूना सभ में क्रम से कम से कम 2.7 गुना ढेर भरपूर मात्रा में रहलें। करिया बिंदु सभ काफी अलग प्रचुरता वाला केओ सभ के संकेत देलें, औसत सीएलआर अंतर -1 आ 1 के बीच के साथ, पी मान सभ के गणना मान-व्हिटनी यू परीक्षण के इस्तेमाल से कइल गइल आ बेंजामिन-होचबर्ग प्रक्रिया के इस्तेमाल से कई बेर तुलना खातिर समायोजित कइल गइल। NaN बतावेला कि केओ केजीजी में कवनो रास्ता से संबंधित ना होला। बोल्ड मीन सीएलआर अंतर मान बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर के संकेत देला। सूचीबद्ध केओ सभ कवना रास्ता से संबंधित बाड़ें, एह बारे में बिस्तार से जानकारी खातिर पूरक तालिका 3 देखल जाय।
एनोटेटेड जीन सभ में से, 1601 जीन सभ में नमूना प्रकार सभ के बीच काफी अलग-अलग बहुतायत (p ≤ 0.05) रहल, हर जीन के भरमार कम से कम 2.7 गुना ढेर रहल। एह में से 4 गो जीन नियंत्रण नमूना में अधिका रहे आ 1597 गो जीन पीपीए नमूना में अधिका रहे। चुकी पीपीए में रोगाणुरोधी गुण होखेला एहसे हमनी के नमूना प्रकार के बीच पीपीए मेटाबॉलिज्म अवुरी उत्पादन जीन के बहुतायत के जांच कईनी। पीपीए मेटाबोलिज्म से संबंधित 1332 जीन सभ में से 27 गो जीन नियंत्रण नमूना सभ में काफी ढेर आ पीपीए नमूना सभ में 12 गो जीन सभ के भरमार रहल। पीपीए उत्पादन से संबंधित 223 जीन में से 1 जीन पीपीए नमूना में काफी अधिक मात्रा में रहे। चित्र 6A में आगे पीपीए मेटाबोलिज्म में शामिल जीन सभ के ढेर बहुतायत देखावल गइल बा, नियंत्रण नमूना सभ में काफी ढेर प्रचुरता आ बड़हन परभाव के आकार के साथ, जबकि चित्र 6B में पीपीए नमूना सभ में देखल गइल काफी ढेर बहुतायत वाला अलग-अलग जीन सभ के रेखांकित कइल गइल बा।
चित्र 6. माउस आंत माइक्रोबायोम में पीपीए से संबंधित जीन की विभेदक प्रचुरता। ज्वालामुखी के प्लॉट सभ में पीपीए मेटाबोलिज्म (A) आ पीपीए उत्पादन (B) से जुड़ल जीन सभ के बहुतायत में अंतर देखावल गइल बा। ग्रे बिंदु अइसन जीन सभ के संकेत देला जिनहन के बहुतायत नमूना प्रकार सभ के बीच कौनों खास अंतर ना रहल (p-value > 0.05)। रंगीन बिंदु बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर (पी-वैल्यू ≤ 0.05) के संकेत देला। बहुतायत में सभसे ढेर अंतर वाला 20 गो जीन सभ के क्रम से लाल आ हल्का नीला रंग (नियंत्रण आ पीपीए नमूना) में देखावल गइल बा। नियंत्रण आ पीपीए नमूना में पीला आ बैंगनी बिंदु के बहुतायत नियंत्रण नमूना के तुलना में कम से कम 2.7 गुना अधिका रहे। करिया बिंदु सभ काफी अलग प्रचुरता वाला जीन सभ के प्रतिनिधित्व करे लें, औसत सीएलआर अंतर -1 आ 1 के बीच होला।पी मान सभ के गणना मान-व्हिटनी यू परीक्षण के इस्तेमाल से कइल गइल आ बेंजामिन-होचबर्ग प्रक्रिया के इस्तेमाल से कई बेर तुलना खातिर सही कइल गइल। जीन गैर-फालतू जीन कैटलॉग में प्रतिनिधि जीन सभ से मेल खाला। जीन के नाँव में केईजीजी चिन्ह होला जे केओ जीन के दर्शावे ला। बोल्ड मीन सीएलआर अंतर काफी अलग प्रचुरता के संकेत देला। डैश (-) बतावे ला कि केजीजी डेटाबेस में जीन खातिर कौनों चिन्ह नइखे।
पीपीए मेटाबोलिज्म आ/या उत्पादन से संबंधित जीन वाला टैक्सा सभ के पहिचान जीन के कॉन्टिग आईडी के साथ कॉन्टिग सभ के टैक्सोनोमिक पहिचान के मिलान कइल गइल। जीनस स्तर पर 130 गो जेनरा सभ में पीपीए मेटाबोलिज्म से संबंधित जीन पावल गइल आ 61 गो जेनरा सभ में पीपीए उत्पादन से संबंधित जीन पावल गइल (पूरक तालिका 4)। हालाँकि, कौनों जेनरा में बहुतायत में कौनों खास अंतर ना लउकल (p > 0.05)।
प्रजाति स्तर पर 144 बैक्टीरिया प्रजाति सभ में पीपीए मेटाबोलिज्म से जुड़ल जीन पावल गइल आ 68 बैक्टीरिया प्रजाति सभ में पीपीए उत्पादन से जुड़ल जीन पावल गइल (पूरक तालिका 5)। पीपीए मेटाबोलाइजर सभ में, आठ गो बैक्टीरिया सभ में नमूना प्रकार सभ के बीच बहुतायत में काफी बढ़ती देखल गइल, आ सभके प्रभाव में काफी बदलाव देखल गइल (पूरक तालिका 6)। बहुतायत में महत्वपूर्ण अंतर वाला सभ चिन्हित पीपीए मेटाबोलाइजर पीपीए नमूना में अधिक प्रचुर मात्रा में पावल गईल। प्रजाति स्तर के वर्गीकरण से अइसन जेनरा सभ के प्रतिनिधि सभ के पता चलल जे नमूना प्रकार सभ के बीच कौनों खास अंतर ना रहलें, इनहन में कई गो बैक्टीरोइड्स आ रुमिनोकोकस प्रजाति सभ के साथे-साथ डंकनिया डुबोइस, माइक्सोबैक्टीरियम एंटेरिका, मोनोकोकस पेक्टिनोलाइटिकस आ अल्कैलिजेन्स पॉलीमोर्फा भी सामिल रहलें। पीपीए पैदा करे वाला बैक्टीरिया में चार गो बैक्टीरिया नमूना प्रकार के बीच बहुतायत में काफी अंतर देखाई देलस। बहुतायत में काफी अंतर वाला प्रजाति सभ में बैक्टीरोइड्स नोवोरोसी, डंकेनिया डुबोइस, माइक्सोबैक्टीरियम एंटेरिटिडिस आ रुमिनोकोकस बोविस सामिल रहलें।
एह अध्ययन में हमनी के चूहा के आंत के माइक्रोबायोटा प पीपीए के संपर्क में आवे के प्रभाव के जांच कईनी। पीपीए बैक्टीरिया में अलग-अलग प्रतिक्रिया पैदा क सके ला काहें से कि ई कुछ खास प्रजाति सभ द्वारा पैदा कइल जाला, अन्य प्रजाति सभ द्वारा भोजन के स्रोत के रूप में इस्तेमाल होला या एकर रोगाणुरोधी परभाव होला। एह से, आहार के पूरक के माध्यम से आंत के वातावरण में एकर जोड़े के अलग-अलग परभाव हो सके ला जे सहनशीलता, संवेदनशीलता आ एकरा के पोषक तत्व के स्रोत के रूप में इस्तेमाल करे के क्षमता के आधार पर हो सके ला। संवेदनशील बैक्टीरिया के प्रजाति सभ के खतम क के बदल के अइसन प्रजाति सभ के इस्तेमाल कइल जा सके ला जे पीपीए के प्रतिरोधी होखे लीं या एकरा के भोजन के स्रोत के रूप में इस्तेमाल करे में सक्षम होखे लीं, जेकरा चलते आंत के माइक्रोबायोटा के संरचना में बदलाव हो सके ला। हमनी के नतीजा में माइक्रोबियल संरचना में काफी अंतर देखाई देलस लेकिन समग्र माइक्रोबियल विविधता प कवनो असर ना देखाई देलस। सभसे ढेर परभाव प्रजाति स्तर पर देखल गइल, 70 से ढेर टैक्सा सभ में पीपीए आ नियंत्रण नमूना सभ के बीच बहुतायत में काफी अंतर देखल गइल (पूरक तालिका 2)। पीपीए से उजागर नमूना सभ के रचना के अउरी मूल्यांकन से बिना उजागर नमूना सभ के तुलना में माइक्रोबियल प्रजाति सभ के ढेर बिसमरूपता के पता चलल, ई बतावे ला कि पीपीए बैक्टीरिया के बढ़ती के बिसेसता बढ़ा सके ला आ बैक्टीरिया के आबादी के सीमित क सके ला जे पीपीए से भरपूर वातावरण में जिंदा रह सके ला। एह तरीका से, पीपीए आंत के माइक्रोबायोटा बिबिधता में व्यापक रूप से बिघटन पैदा करे के बजाय चुनिंदा रूप से बदलाव पैदा क सके ला।
पीपीए नियर खाद्य संरक्षक सभ के पहिले भी देखल गइल बा कि ई समग्र बिबिधता के प्रभावित कइले बिना आंत के माइक्रोबायोम घटक सभ के बहुतायत में बदलाव करे लें (नागपाल इत्यादि, 2021)। इहाँ, हमनी के बैक्टीरोइडेट्स (पहिले बैक्टीरोइडेट्स के नाँव से जानल जाए वाला) वंश के भीतर बैक्टीरोइडेट्स प्रजाति सभ के बीच सभसे हड़ताली अंतर देखनी जा, जे पीपीए के संपर्क में आइल चूहा सभ में काफी समृद्ध रहलें। बैक्टीरोइड्स प्रजाति सभ के बढ़ल बहुतायत बलगम के बिगड़ल गिरावट से जुड़ल बाटे, जेकरा से संक्रमण के खतरा बढ़ सके ला आ सूजन के बढ़ावा मिल सके ला (Cornick et al., 2015; Desai et al., 2016; Penzol et al., 2019)। एगो अध्ययन में पावल गइल कि बैक्टीरॉइड्स फ्रैजिलिस से इलाज कइल गइल नवजात नर चूहा सभ में ऑटिज्म स्पेक्ट्रम डिसऑर्डर (ASD) के याद दिलावत सामाजिक व्यवहार देखल गइल (Carmel et al., 2023), आ अउरी अध्ययन सभ से पता चलल बा कि बैक्टीरोइड्स प्रजाति सभ प्रतिरक्षा गतिविधि में बदलाव क सके लीं आ ऑटोइम्यून भड़काऊ कार्डियोमायोपैथी के कारण हो सके लीं (Gil-Cruz et al., 2019)। पीपीए के संपर्क में आवे वाला चूहा सभ में रुमिनोकोकस, प्रीवोटेला, आ पैराबैक्टीरोइड्स जेनरा से संबंधित प्रजाति सभ में भी काफी बढ़ती भइल (Coretti et al., 2018)। कुछ रुमिनोकोकस प्रजाति सभ के संबंध प्रोइंफ्लेमेटरी साइटोकाइन्स के उत्पादन के माध्यम से क्रोन बेमारी नियर बेमारी सभ से होला (Henke et al., 2019), जबकि प्रीवोटेला ह्यूमैनी नियर प्रीवोटेला प्रजाति सभ के संबंध उच्च रक्तचाप आ इंसुलिन संवेदनशीलता नियर मेटाबोलिक बेमारी सभ से होला (Pedersen et al., 2016; Li et al., 2017)। अंत में, हमनी के पाता चलल कि बैक्टीरोइडेट्स (पहिले फर्मिक्यूट्स के नाम से जानल जाला) अवुरी बैक्टीरोइडेट्स के अनुपात नियंत्रण चूहा के मुक़ाबले बैक्टीरोइडेट्स (पहिले फर्मिक्यूट्स के नाम से जानल जाला) के अनुपात नियंत्रण चूहा के मुक़ाबले काफी कम रहे, काहेंकी बैक्टीरोइडेट्स प्रजाति के कुल बहुतायत जादा रहे। ई अनुपात पहिले आंत के होमियोस्टेसिस के एगो महत्वपूर्ण संकेतक के रूप में देखावल गइल बा आ एह अनुपात में गड़बड़ी के बिबिध बेमारी के स्थिति सभ से जोड़ल गइल बा (Turpin et al., 2016; Takezawa et al., 2021; An et al., 2023), जवना में भड़काऊ आंत के बेमारी भी सामिल बा (Stojanov et al., 2020)। सामूहिक रूप से, बैक्टीरोइडेट्स वंश के प्रजाति सभ पर आहार के पीपीए बढ़े से सभसे ढेर परभाव लउके ला। एकर कारण पीपीए के प्रति अधिका सहनशीलता भा ऊर्जा के स्रोत के रूप में पीपीए के इस्तेमाल करे के क्षमता हो सके ला, ई कम से कम एक ठो प्रजाति, होयलेसेला एनोसिया खातिर सही बतावल गइल बा (Hitch et al., 2022)। एकरे अलावा, मातृ पीपीए के संपर्क में आवे से माउस के संतान के आंत के बैक्टीरोइडेट्स उपनिवेशीकरण के अधिका संवेदनशील बना के भ्रूण के बिकास बढ़ सके ला; हालांकि हमनी के अध्ययन के डिजाइन में अयीसन आकलन के अनुमति ना रहे।
मेटाजीनोमिक सामग्री के आकलन से पीपीए मेटाबोलिज्म आ उत्पादन से जुड़ल जीन सभ के बहुतायत में काफी अंतर पावल गइल, पीपीए के संपर्क में आवे वाला चूहा सभ में पीपीए उत्पादन खातिर जिम्मेदार जीन सभ के ढेर बहुतायत देखल गइल जबकि गैर-पीपीए के संपर्क में आइल चूहा सभ में पीएए मेटाबोलिज्म खातिर जिम्मेदार जीन सभ के बहुतायत देखल गइल (चित्र 6)। ई परिणाम बतावे लें कि माइक्रोबियल संरचना पर पीपीए के परभाव खाली एकरे इस्तेमाल के कारण ना हो सके ला, ना त पीपीए के संपर्क में आइल चूहा सभ के आंत के माइक्रोबायोम में पीपीए के चयापचय से जुड़ल जीन सभ के बहुतायत देखे के चाहीं। एकर एगो सफाई ई बा कि पीपीए बैक्टीरिया के बहुतायत के बिचा में मुख्य रूप से बैक्टीरिया द्वारा पोषक तत्व के रूप में इस्तेमाल के बजाय एकरे रोगाणुरोधी प्रभाव के माध्यम से होला। पहिले के अध्ययन सभ से पता चलल बा कि पीपीए खुराक पर निर्भर तरीका से साल्मोनेला टाइफिम्यूरियम के बढ़ती के रोके ला (Jacobson et al., 2018)। पीपीए के अधिका सांद्रता के संपर्क में आवे से अइसन बैक्टीरिया सभ के चयन हो सके ला जे एकरे रोगाणुरोधी गुण सभ के प्रतिरोधी होखें आ जरूरी ना होखे कि ऊ एकरा के चयापचय भा पैदा करे में सक्षम होखे। उदाहरण खातिर, कई गो पैराबैक्टीरॉइड्स प्रजाति सभ में पीपीए नमूना सभ में काफी ढेर बहुतायत देखल गइल, बाकी पीपीए मेटाबोलिज्म भा उत्पादन से संबंधित कौनों जीन के पता ना चलल (पूरक तालिका 2, 4, आ 5)। एकरे अलावा, किण्वन उपोत्पाद के रूप में पीपीए के उत्पादन बिबिध बैक्टीरिया सभ में बिस्तार से बितरित होला (गोंजालेज-गार्सिया इत्यादि, 2017)। नियंत्रण नमूना सभ में पीपीए मेटाबोलिज्म से संबंधित जीन सभ के ढेर बहुतायत के कारण बैक्टीरिया के बिबिधता ढेर हो सके ला (Averina et al., 2020)। एकरे अलावा, 1332 में से खाली 27 (2.14%) जीन सभ के बिसेस रूप से पीपीए मेटाबोलिज्म से जुड़ल जीन होखे के अनुमान लगावल गइल। पीपीए मेटाबोलिज्म से जुड़ल कई गो जीन सभ अन्य मेटाबोलिक रास्ता सभ में भी सामिल होलें। ई अउरी बतावे ला कि पीपीए मेटाबोलिज्म में शामिल जीन सभ के बहुतायत नियंत्रण नमूना सभ में ढेर रहल; ई जीन अइसन रास्ता में काम क सके लें जिनहन के परिणामस्वरूप पीपीए के इस्तेमाल भा उपोत्पाद के रूप में निर्माण ना होखे। एह मामला में, पीपीए जनरेशन से जुड़ल खाली एगो जीन नमूना प्रकार के बीच बहुतायत में काफी अंतर देखवलस। पीपीए मेटाबोलिज्म से जुड़ल जीन सभ के बिपरीत, पीपीए उत्पादन खातिर मार्कर जीन सभ के चयन एह से कइल गइल काहें से कि ई पीपीए उत्पादन खातिर बैक्टीरिया के रास्ता में सीधे शामिल होलें। पीपीए के संपर्क में आवे वाला चूहा सभ में सभ प्रजाति सभ में बहुतायत आ पीपीए पैदा करे के क्षमता में काफी बढ़ती पावल गइल। ई एह भविष्यवाणी के समर्थन करेला कि पीपीए पीपीए उत्पादकन के चयन करी आ एहसे भविष्यवाणी करी कि पीपीए उत्पादन क्षमता बढ़ी. हालाँकि, जीन के बहुतायत के जीन एक्सप्रेशन के साथ सहसंबंध जरूरी ना होला; एह तरीका से, हालाँकि, पीपीए मेटाबोलिज्म से जुड़ल जीन सभ के बहुतायत नियंत्रण नमूना सभ में ढेर होला, एक्सप्रेशन दर अलग हो सके ला (Shi et al., 2014)। पीपीए पैदा करे वाला जीन सभ के प्रसार आ पीपीए उत्पादन के बीच संबंध के पुष्टि करे खातिर पीपीए उत्पादन में शामिल जीन सभ के एक्सप्रेशन के अध्ययन के जरूरत बा।
पीपीए आ कंट्रोल मेटाजीनोम के फंक्शनल एनोटेशन से कुछ अंतर के पता चलल। जीन सामग्री के पीसीए विश्लेषण से पीपीए आ नियंत्रण नमूना के बीच असतत समूह के पता चलल (चित्र 5)। नमूना के भीतर क्लस्टरिंग से पता चलल कि नियंत्रण जीन सामग्री अधिका बिबिधता वाला रहे जबकि पीपीए नमूना एक साथ क्लस्टर भइल। जीन सामग्री के हिसाब से क्लस्टरिंग प्रजाति संरचना के हिसाब से क्लस्टरिंग के तुलना में रहे। एह तरीका से, रास्ता के बहुतायत में अंतर इनहन के भीतर बिसेस प्रजाति आ उपजाति सभ के बहुतायत में बदलाव के अनुरूप होला। पीपीए नमूना में, काफी अधिक बहुतायत वाला दू गो रास्ता अमीनोशुगर/न्यूक्लिओटाइड चीनी चयापचय (ko:K21279) आ कई गो लिपिड चयापचय के रास्ता (ko:K00647, ko:K03801; पूरक तालिका 3) से संबंधित रहलें। ko:K21279 से जुड़ल जीन सभ के बैक्टीरोइड्स जीनस से जुड़ल बतावल जाला, ई पीपीए नमूना सभ में प्रजाति सभ के संख्या काफी ढेर वाला जेनरा सभ में से एक हवे। ई एंजाइम कैप्सूलर पॉलीसैकराइड सभ के एक्सप्रेस क के प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया से बच सके ला (Wang et al., 2008)। पीपीए के संपर्क में आवे वाला चूहा सभ में देखल गइल बैक्टीरोइडेट्स में बढ़ती के कारण हो सके ला। ई पीपीए माइक्रोबायोम में देखल गइल बढ़ल फैटी एसिड संश्लेषण के पूरक होला। बैक्टीरिया सभ फैटी एसिड पैदा करे खातिर FASIIko:K00647 (fabB) रास्ता के इस्तेमाल करे लें, ई मेजबान मेटाबोलिक रास्ता सभ के प्रभावित क सकत बाड़ें ( Yao and Rock, 2015; Johnson et al., 2020), आ लिपिड मेटाबोलिज्म में बदलाव न्यूरोडेवलपमेंट में भूमिका निभावे ला (Yu et al., 2020)। पीपीए नमूना में बढ़ल बहुतायत देखावे वाला एगो अउरी रास्ता स्टेरॉयड हार्मोन बायोसिंथेसिस (ko:K12343) रहल। बढ़त सबूत बा कि आंत के माइक्रोबायोटा के हार्मोन के स्तर के प्रभावित करे आ हार्मोन से प्रभावित होखे के क्षमता के बीच उलटा संबंध बा, जइसे कि स्टेरॉयड के स्तर बढ़ला के डाउनस्ट्रीम स्वास्थ्य परिणाम हो सके ला (Tetel et al., 2018)।
ई अध्ययन सीमा आ विचार से रहित नइखे। एगो महत्वपूर्ण भेद ई बा कि हमनी के जानवरन के शारीरिक आकलन ना कइनी जा। एह से ई सीधे निष्कर्ष निकालल संभव नइखे कि माइक्रोबायोम में बदलाव कवनो बेमारी से जुड़ल बा कि ना। एगो अवुरी विचार इ बा कि ए अध्ययन में शामिल चूहा के उहे आहार दिहल गईल रहे, जवन कि उनुका महतारी के दिहल गईल रहे। भविष्य के अध्ययन से ई पता लगावल जा सकेला कि पीपीए से भरपूर आहार से पीपीए मुक्त आहार में बदलला से माइक्रोबायोम पर एकर प्रभाव में सुधार होला कि ना। हमनी के अध्ययन के एगो सीमा, कई गो अउरी अध्ययन के तरह, सीमित नमूना आकार बा। हालाँकि, मान्य निष्कर्ष निकालल जा सके ला, नमूना के आकार बड़हन से परिणाम के बिस्लेषण करत समय ढेर सांख्यिकीय शक्ति मिल जाई। हमनी के आंत के माइक्रोबायोम में बदलाव आ कवनो बेमारी के बीच संबंध के बारे में निष्कर्ष निकाले में भी सावधान बानी जा (याप एट अल., 2021)। उमिर, लिंग आ आहार समेत भ्रमित करे वाला कारक सूक्ष्मजीव सभ के रचना के काफी प्रभावित क सके लें। ई कारक जटिल बेमारी सभ के साथ आंत के माइक्रोबायोम के संबंध के संबंध में साहित्य में देखल गइल असंगति सभ के कारण हो सके लें (जॉनसन इत्यादि, 2019; लागोड आ नासर, 2023)। उदाहरण खातिर, बैक्टीरोइडेट्स जीनस के सदस्य सभ के एएसडी वाला जानवर आ मनुष्य सभ में या त बढ़ती भा कमी देखल गइल बा (Angelis et al., 2013; Kushak et al., 2017)। एही तरे, भड़काऊ आंत के बेमारी के मरीजन में आंत के संरचना के अध्ययन में एकही टैक्सा में बढ़ती आ कमी दुनों पावल गइल बा (वाल्टर्स आ अउरी लोग, 2014; फोर्ब्स आ अउरी लोग, 2018; उपाध्याय आ अउरी लोग, 2023)। लैंगिक पूर्वाग्रह के प्रभाव के सीमित करे खातिर हमनी के कोशिश रहे कि लिंग के बराबर प्रतिनिधित्व सुनिश्चित कईल जाए ताकि अंतर के सबसे जादा संभावना आहार के चलते होखे। फंक्शनल एनोटेशन के एगो चुनौती रिडंडेंट जीन सीक्वेंस के हटावल बा। हमनी के जीन क्लस्टरिंग तरीका में 95% अनुक्रम पहचान आ 85% लंबाई के समानता के जरूरत होला, साथ ही झूठा क्लस्टरिंग के खतम करे खातिर 90% संरेखण कवरेज के जरूरत होला। हालांकि, कुछ मामला में, हमनी के एकही एनोटेशन (जैसे, एमयूटी) (चित्र 6) के संगे सीओजी देखनी। ई पता लगावे खातिर अउरी अध्ययन के जरूरत बा कि ई ऑर्थोलॉग अलग-अलग बाड़ें, बिसेस जेनरा सभ से जुड़ल बाड़ें या ई जीन क्लस्टरिंग तरीका के सीमा हवे कि ना। फंक्शनल एनोटेशन के एगो अउरी सीमा संभावित गलत वर्गीकरण बा; बैक्टीरिया के जीन mmdA एगो ज्ञात एंजाइम हवे जे प्रोपिओनेट संश्लेषण में शामिल होला, बाकी केईजीजी एकरा के प्रोपिओनेट मेटाबोलिक रास्ता से ना जोड़े ला। एकरे बिपरीत, scpB आ mmcD ऑर्थोलॉग सभ के संबंध होला। बिना निर्धारित नॉकआउट वाला जीन सभ के ढेर संख्या के परिणामस्वरूप जीन के बहुतायत के आकलन करत समय पीपीए से संबंधित जीन सभ के पहिचान करे में असमर्थता हो सके ला। भविष्य के अध्ययन सभ में मेटाट्रांसक्रिप्टोम बिस्लेषण से फायदा होखी जेह से आंत के माइक्रोबायोटा के कामकाजी बिसेसता सभ के गहिराह समझ मिल सके ला आ जीन एक्सप्रेशन के संभावित डाउनस्ट्रीम परभाव से जोड़ल जा सके ला। बिसेस न्यूरोडेवलपमेंटल बिकार भा भड़काऊ आंत के बेमारी सभ से जुड़ल अध्ययन सभ खातिर, माइक्रोबायोम के रचना में बदलाव के एह बिकार सभ से जोड़े खातिर जानवर सभ के शारीरिक आ ब्यवहारिक आकलन के जरूरत होला। आंत के माइक्रोबायोम के कीटाणु मुक्त चूहा सभ में प्रत्यारोपित करे वाला अतिरिक्त अध्ययन भी ई पता लगावे खातिर उपयोगी होखी कि माइक्रोबायोम बेमारी के चालक भा बिसेसता हवे कि ना।
संक्षेप में, हमनी के इ देखवनी जा कि आहार पीपीए आंत के माइक्रोबायोटा के संरचना में बदलाव करे में कारक के रूप में काम करेला। पीपीए एगो एफडीए द्वारा मंजूर प्रिजरवेटिव हवे जे बिबिध खाद्य पदार्थ सभ में व्यापक रूप से पावल जाला जेकरा के लंबा समय ले संपर्क में अइला पर सामान्य आंत के वनस्पति सभ में बिघटन हो सके ला। हमनी के कई गो बैक्टीरिया के बहुतायत में बदलाव मिलल, जवना से लागता कि पीपीए आंत के माइक्रोबायोटा के संरचना के प्रभावित क सकता। माइक्रोबायोटा में बदलाव से कुछ मेटाबोलिक रास्ता सभ के स्तर में बदलाव हो सके ला, जेकरा चलते शारीरिक बदलाव हो सके ला जे मेजबान के स्वास्थ्य खातिर प्रासंगिक होखे। ई पता लगावे खातिर अउरी अध्ययन के जरूरत बा कि माइक्रोबियल संरचना पर आहार के पीपीए के परभाव से डिस्बायोसिस भा अउरी बेमारी हो सके ला कि ना। ई अध्ययन भविष्य में एह अध्ययन के नींव रखे ला कि आंत के संरचना पर पीपीए के परभाव मानव स्वास्थ्य पर कइसे असर डाल सके ला।
एह अध्ययन में प्रस्तुत डाटासेट ऑनलाइन रिपोजिटरी में उपलब्ध बा। रिपोजिटरी के नाँव आ एक्सेसन नंबर बा: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431।
एह जानवरन के अध्ययन के यूनिवर्सिटी ऑफ सेंट्रल फ्लोरिडा इंस्टीट्यूशनल एनिमल केयर एंड यूज कमेटी (UCF-IACUC) (एनिमल यूज परमिट नंबर: PROTO202000002) द्वारा मंजूरी मिलल बा। ई अध्ययन स्थानीय कानून, नियम, आ संस्थागत जरूरतन के पालन करेला।
एनजी: अवधारणा, डेटा क्यूरेसन, औपचारिक विश्लेषण, जांच, पद्धति, सॉफ्टवेयर, विजुअलाइजेशन, लेखन (मूल मसौदा), लेखन (समीक्षा आ संपादन)। एलए: अवधारणा, डेटा क्यूरेसन, पद्धति, संसाधन, लेखन (समीक्षा आ संपादन)। एसएच: औपचारिक विश्लेषण, सॉफ्टवेयर, लेखन (समीक्षा आ संपादन)। एसए: जांच, लेखन (समीक्षा आ संपादन) के काम कइल जाला। मुख्य न्यायाधीश : जांच, लेखन (समीक्षा आ संपादन)। एसएन: अवधारणा, परियोजना प्रशासन, संसाधन, पर्यवेक्षण, लेखन (समीक्षा आ संपादन)। टीए: अवधारणा, परियोजना प्रशासन, पर्यवेक्षण, लेखन (समीक्षा आ संपादन)।
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